GROMACS-2018.6 (GPU 버전) 설치

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 5. 29. 17:56

KISTI 뉴론 시스템에서 gromacs 2018.6 버전 실행 파일을 컴파일 하는 예시입니다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	뉴론 (GPU Cluster System)
OS Version	리눅스 / CentOS 7.9
CPU	Intel Xeon E5-2670 v2
GPU	NVIDIA Tesla V100
컴파일러	Intel 2018.2 Version
MPI	mvapich2 2.3
기타	Intel MKL Math Library CUDA 10.0

나. 설치 전 환경 설정

KISTI 누리온시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다.

[ 환경 설정 ]

$ module purge
$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3 cmake/3.12.3

다. gromacs-2018.6 버전 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.

[설치과정]

$ export CC=mpicc
$ export CXX=mpicxx
$ tar xvzf gromacs-2018.6.tar.gz
$ cd gromacs-2018.6
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON \
-DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \
-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6 \
-DGMX_HWLOC=OFF \
..
$ make
$ make install

※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시