# GROMACS-2018.6 (GPU 버전) 설치

KISTI 뉴론 시스템에서  gromacs 2018.6 버전 실행 파일을 컴파일 하는 예시입니다.

## **가. 설치 환경**

| 구분            | 내용                                            |
| ------------- | --------------------------------------------- |
| 대상 시스템        | 뉴론 (GPU Cluster System)                       |
| OS Version    | 리눅스 / CentOS 7.9                              |
| CPU           | Intel Xeon E5-2670 v2                         |
| GPU           | NVIDIA Tesla V100                             |
| 컴파일러          | Intel 2018.2 Version                          |
| MPI           | mvapich2 2.3                                  |
| <p>기타<br></p> | <p>Intel MKL Math Library</p><p>CUDA 10.0</p> |

## **나. 설치 전 환경 설정**

뉴론시스템은 PATH, LD\_LIBRARY\_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다.

\[ 환경 설정 ]

```shell-session
$ module purge
$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3 cmake/3.12.3
```

## **다. gromacs-2018.6 버전 설치 과정**

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.

\[설치과정]

```shell-session
$ export CC=mpicc
$ export CXX=mpicxx
$ tar xvzf gromacs-2018.6.tar.gz
$ cd gromacs-2018.6
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON \
-DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \
-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6 \
-DGMX_HWLOC=OFF \
..
$ make
$ make install
```

※ <mark style="color:blue;">**"-DCMAKE\_INSTALL\_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6**</mark><mark style="color:blue;">"</mark>는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시