# GROMACS-2018.6 버전 설치 소개 (KNL)

KISTI 누리온 시스템에서 KNL 계산노드용 gromacs-2018.6 버전 실행  파일을 컴파일 하는 예시입니다.

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## **가. 설치 환경**

| **구분**     | **내용**                          |
| ---------- | ------------------------------- |
| 대상 시스템     | 누리온                             |
| OS Version | 리눅스 / CentOS 7.9                |
| CPU        | Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250  |
| 컴파일러       | Intel 2018.3 Version            |
| MPI        | IntelMPI 2018.3 Version         |
| 기타         | Intel Math Kernel Library (MKL) |

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## **나. 설치 전 환경 설정**

KISTI 누리온시스템은 PATH, LD\_LIBRARY\_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다.

\[ 환경 설정 ]

```shell-session
$ module purge
$ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3 cmake/3.12.3
```

## **다. 설치 전 계산노드 접속**

Intel 컴파일러를 이용하여 KNL CPU 타입 전용 옵션인 \*\*"-xMIC-AVX512"\*\*를 사용하여 gromacs를 설치하게 될 경우 KNL 계산노드에서 설치를 진행해야 오류가 발생되지 않습니다.

"-xMIC-AVX512" 옵션을 사용할 경우 PBS 스케줄러의 Interactive 기능을 이용하여 KNL 계산노드로 접속하여 빌드를 진행해야 합니다.

아래는 누리온 KNL 계산노드(debug 큐) 로 접속하는 예제입니다.

```shell-session
$ qsub -I -V -q debug -l select=1:ncpus=68:mpiprocs=68:ompthreads=1 -l walltime=12:00:00 -A gromacs
```

**※ qsub 명령 뒤 문자는 I(대문자 아이) 이고, select 와 walltime 앞에 문자는 l(소문자 엘)** 

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## **라. gromacs-2018.6 버전 설치 과정**

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.

\[설치과정]

```shell-session
$ export FLAGS="-O2 -xMIC-AVX512 -g -static-intel"
$ export CFLAGS=$FLAGS
$ export CXXFLAGS=$FLAGS
$ export CC=mpiicc
$ export CXX=mpiicpc
$ export CPATH=/apps/compiler/intel/18.0.3/mkl/include:$CPATH


$ tar xvzf gromacs-2018.6.tar.gz
$ cd gromacs-2018.6
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DBUILD_SHARED_LIB=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6 \
-DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON \
-DGMX_GPU=OFF -DGMX_BUILD_HELP=OFF -DGMX_HWLOC=OFF \
-DGMX_SIMD=AVX_512_KNL -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=64
$ make
$ make install
```

※ <mark style="color:blue;">**"-DCMAKE\_INSTALL\_PREFIX=$/GROMACS/2018.6**</mark><mark style="color:blue;">"</mark>는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시


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```

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