GROMACS-2018.6 버전 설치 소개 (SKL)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 5. 29. 17:55

KISTI 누리온 시스템에서 SKL 계산노드용 gromacs-2018.6 버전 실행 파일을 컴파일 하는 예시입니다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온
OS Version	리눅스 / CentOS 7.9
CPU	Intel(R) Xeon(R) Gold 6148
컴파일러	Intel 2018.3 Version
MPI	IntelMPI 2018.3 Version
기타	Intel Math Kernel Library (MKL)

나. 설치 전 환경 설정

KISTI 누리온시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다.

[ 환경 설정 ]

$ module purge
$ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3 cmake/3.12.3

다. gromacs-2018.6 버전 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.

$ export FLAGS="-O2 -xCORE-AVX512 -g -static-intel"
$ export CFLAGS=$FLAGS
$ export CXXFLAGS=$FLAGS
$ export CC=mpiicc
$ export CXX=mpiicpc
$ export CPATH=/apps/compiler/intel/18.0.3/mkl/include:$CPATH


$ tar xvzf gromacs-2018.6.tar.gz
$ cd gromacs-2018.6
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DBUILD_SHARED_LIB=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6 \
-DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON \
-DGMX_GPU=OFF -DGMX_BUILD_HELP=OFF -DGMX_HWLOC=OFF \
-DGMX_SIMD=AVX_512 -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=32 
..
$ make
$ make install

※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시