GROMACS-2020.2 버전 설치 소개 (KNL)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2020. 6. 26. 13:44

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2020.2 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온
OS Version	리눅스 / CentOS 7.7
CPU	Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250
컴파일러	Intel 2019.5 Version
MPI	IntelMPI 2019.5 Version
기타	Intel MKL Math Library

나. 설치 전 환경 설정

누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

[ 환경 설정 ]

$ module load intel/19.0.5 impi/19.0.5 cmake/3.12.3
$ export LD_LIBRARY_PATH=/apps/compiler/gcc/7.2.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

다. 설치 전 계산노드 접속

Intel 컴파일러를 이용하여 KNL CPU 타입 전용 옵션인 "-xMIC-AVX512"를 사용하여 gromacs를 설치하게 될 경우 KNL 계산노드에서 설치를 진행해야 오류가 발생되지 않는다.

"-xMIC-AVX512" 옵션을 사용할 경우 PBS 스케줄러의 Interactive 기능을 이용하여 KNL 계산노드로 접속하여 빌드를 진행해야 한다. 아래는 누리온 KNL 계산노드(debug 큐) 로 접속하는 예제이다.

$ cds
$ qsub -I -V -q debug -l select=1:ncpus=68:mpiprocs=68:ompthreads=1 -l walltime=12:00:00 -A gromacs

※ qsub 명령 뒤 문자는 I(대문자 아이) 이고, select 와 walltime 앞에 문자는 l(소문자 엘) 이다.

라. gromacs-2020.2 버전 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.

[설치과정]

$ export FLAGS="-O2 -xMIC-AVX512 -g -static-intel"
$ export CFLAGS=$FLAGS
$ export CXXFLAGS=$FLAGS
$ export CC=mpiicc
$ export CXX=mpiicpc
$ export CPATH=/apps/compiler/intel/19.0.5/mkl/include:$CPATH


$ tar xvzf gromacs-2020.2.tar.gz
$ cd gromacs-2020.2
$ mkdir build
$ cd build


$ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2020.2 -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON -DGMX_GPU=OFF -DGMX_BUILD_HELP=OFF -DGMX_HWLOC=OFF -DGMX_SIMD=AVX_512_KNL -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=64 -DGMX_GPLUSPLUS_PATH=/apps/compiler/gcc/7.2.0/bin/g++


$ make
$ make install

※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2020.2"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.