GROMACS-2020.2 버전 설치 소개 (KNL)
슈퍼컴퓨팅인프라센터 2020. 6. 26. 13:44
KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2020.2 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.
가. 설치 환경
나. 설치 전 환경 설정
누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.
[ 환경 설정 ]
다. 설치 전 계산노드 접속
Intel 컴파일러를 이용하여 KNL CPU 타입 전용 옵션인 "-xMIC-AVX512"를 사용하여 gromacs를 설치하게 될 경우 KNL 계산노드에서 설치를 진행해야 오류가 발생되지 않는다.
"-xMIC-AVX512" 옵션을 사용할 경우 PBS 스케줄러의 Interactive 기능을 이용하여 KNL 계산노드로 접속하여 빌드를 진행해야 한다. 아래는 누리온 KNL 계산노드(debug 큐) 로 접속하는 예제이다.
※ qsub 명령 뒤 문자는 I(대문자 아이) 이고, select 와 walltime 앞에 문자는 l(소문자 엘) 이다.
라. gromacs-2020.2 버전 설치 과정
설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.
[설치과정]
※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2020.2"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.
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