# GROMACS-5.1.4 설치

KISTI 누리온 시스템에서 gromacs-5.1.4 버전 실행  파일을 컴파일 하는 예시입니다.

## **가. 설치 환경**

| **구분**     | **내용**                          |
| ---------- | ------------------------------- |
| 대상 시스템     | 누리온                             |
| OS Version | 리눅스 / CentOS 7.9                |
| CPU        | Intel(R) Xeon(R) Gold 6148      |
| 컴파일러       | Intel 2018.3 Version            |
| MPI        | IntelMPI 2018.3 Version         |
| 기타         | Intel Math Kernel Library (MKL) |

## **나. 설치 전 환경 설정**

KISTI 누리온시스템은 PATH, LD\_LIBRARY\_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다.

\[ 환경 설정 ]

<pre class="language-shell-session"><code class="lang-shell-session"><strong>$ module purge
</strong><strong>$ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3
</strong></code></pre>

## **다. gromacs-5.1.4 버전 설치 과정**

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.

\[설치과정]

```shell-session
$ export CC=mpiicc
$ export CXX=mpiicpc
$ export CPATH=/apps/compiler/intel/18.0.3/mkl/include:$CPATH
$ tar xvzf gromacs-5.1.4.tar.gz
$ cd gromacs-5.1.4
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/5.1.4 \
-DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON \
-DGMX_GPU=OFF -DGMX_BUILD_HELP=OFF -DGMX_HWLOC=OFF
..
$ make
$ make install
```

<mark style="color:blue;">※ "-DCMAKE\_INSTALL\_PREFIX=${HOME}/GROMACS/5.1.4"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시</mark>


---

# Agent Instructions: Querying This Documentation

If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question.

Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter:

```
GET https://docs-ksc.gitbook.io/blog/install/nurion/gromacs/gromacs-5.1.4-install.md?ask=<question>
```

The question should be specific, self-contained, and written in natural language.
The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation.

Use this mechanism when the answer is not explicitly present in the current page, you need clarification or additional context, or you want to retrieve related documentation sections.