GROMACS-5.1.4 설치

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2018. 12. 3. 14:32

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-5.1.4 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온
OS Version	리눅스 / CentOS 7.3
CPU	Intel(R) Xeon(R) Gold 6148
컴파일러	Intel 2018.3 Version
MPI	IntelMPI 2018.3 Version
기타	Intel MKL Math Library

나. 설치 전 환경 설정

누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

[ 환경 설정 ]

$ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3

다. gromacs-5.1.4 버전 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.

[설치과정]

$ export CC=mpiicc
$ export CXX=mpiicpc
$ export CPATH=/apps/compiler/intel/18.0.3/mkl/include:$CPATH
$ tar xvzf gromacs-5.1.4.tar.gz
$ cd gromacs-5.1.4
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/5.1.4 \
-DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON \
-DGMX_GPU=OFF -DGMX_BUILD_HELP=OFF -DGMX_HWLOC=OFF
..
$ make
$ make install

※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/5.1.4"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.