GROMACS-2021.4 버전 설치 소개 (KNL)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2021. 12. 9. 15:47

KISTI 누리온 시스템에서 KNL 계산노드용 gromacs-2021.4 버전 실행 파일을 컴파일 하는 예시입니다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온(KNL)
OS Version	리눅스 / CentOS 7.9
CPU	Intel Xeon Phi 7250
컴파일러	Intel 2021.4 Version
MPI	IntelMPI 2021.4 Version
기타	Intel Math Kernel Library (MKL)

나. 설치 전 환경 설정

KISTI 누리온시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다.

[ 환경 설정 ]

$ module purge 
$ module intel/oneapi_21.2 impi/oneapi_21.2 cmake/3.12.7

다. gromacs-2021.4 버전 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고,

소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.

[설치과정]

$ export FLAGS="-O2 -g -static-intel"
$ export CFLAGS=$FLAGS
$ export CXXFLAGS=$FLAGS
$ export CC=mpiicc
$ export CXX=mpiicpc


$ tar -xzvf gromacs-2021.4.tar.gz
$ cd gromacs-2021.4/
$ mkdir build
$ cd build


$ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2021.4 \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON \
-DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON -DGMX_GPU=OFF -DGMX_HWLOC=OFF \
-DGMX_SIMD=AVX_512_KNL -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=64


$ make
$ make install

※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2021.4"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시