GROMACS-2021.4 버전 설치 소개 (KNL)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2021. 12. 9. 15:47

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템의 KNL 사용 시 gromacs-2021.4 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온(KNL)
OS Version	리눅스 / CentOS 7.7
CPU	Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250
컴파일러	Intel 2021.4 Version
MPI	IntelMPI 2021.4 Version
기타	Intel MKL Math Library

나. 설치 전 환경 설정

누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여

환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

[ 환경 설정 ]

 $ module intel/oneapi_21.2 impi/oneapi_21.2 cmake/3.12.7

다. gromacs-2021.4 버전 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고,

소스 파일 다운로드 등은 생략한다.

[설치과정]

$ export FLAGS="-O2 -g -static-intel"
$ export CFLAGS=$FLAGS
$ export CXXFLAGS=$FLAGS
$ export CC=mpiicc
$ export CXX=mpiicpc


$ tar -xzvf gromacs-2021.4.tar.gz
$ cd gromacs-2021.4/
$ mkdir build
$ cd build


$ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2021.4 \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON \
-DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON -DGMX_GPU=OFF -DGMX_HWLOC=OFF \
-DGMX_SIMD=AVX_512_KNL -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=64


$ make
$ make install

※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2021.4"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.