GROMACS-2021.4 버전 설치 소개 (SKL)
슈퍼컴퓨팅인프라센터 2021. 12. 9. 15:52
KISTI 누리온 시스템에서 SKL 계산노드용 gromacs-2021.4 버전 실행 파일을 컴파일 하는 예시입니다.
가. 설치 환경
구분
내용
대상 시스템
누리온(SKL)
OS Version
리눅스 / CentOS 7.9
CPU
Intel Xeon 6148
컴파일러
Intel 2021.4 Version
MPI
IntelMPI 2021.4 Version
기타
Intel Math Kernel Library (MKL)
나. 설치 전 환경 설정
KISTI 누리온시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다.
[ 환경 설정 ]
$ module purge
$ module intel/oneapi_21.2 impi/oneapi_21.2 cmake/3.12.7다. gromacs-2021.4 버전 설치 과정
설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.
[설치과정]
$ export FLAGS="-O2 -g -static-intel"
$ export CFLAGS=$FLAGS
$ export CXXFLAGS=$FLAGS
$ export CC=mpiicc
$ export CXX=mpiicpc
$ tar -xzvf gromacs-2021.4.tar.gz
$ cd gromacs-2021.4/
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2021.4 \
- DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON \
- DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON -DGMX_GPU=OFF -DGMX_HWLOC=OFF \
- DGMX_SIMD=AVX_512 \
- DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=32
$ make
$ make install※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2021.4"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시
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