GROMACS-2025.4 버전 설치 소개

KISTI 누리온 시스템에서 gromacs-2025.4 버전을 컴파일 하는 예시입니다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온(KNL/SKL)
OS Version	리눅스 / CentOS 7.9
CPU	Intel Xeon 6148
컴파일러	GCC 13.4.0
MPI	OpenMPI 3.1.6

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나. 설치 전 환경 설정

KISTI 누리온시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다.

[ 환경 설정 ]

$ module purge
$ module load gcc/13.4.0 openmpi/3.1.6 cmake/4.1.3 python/3.7

[의존성 확인]

• GCC 11 버전 이상

• cmake 3.28 버전 이상

※ intel 클래식 컴파일러(icc/icpc)는 지원되지 않으며, oneAPI 최신 버전 (clang 기반) 컴파일러나 gcc 컴파일러 사용

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다. gromacs-2025.4 버전 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다. (소스 파일 다운로드 : https://manual.gromacs.org )

[설치과정]

1) 압축 해제, 디렉터리 변경

$ tar -xzf gromacs-2025.4.tar.gz
$ cd gromacs-2025.4
$ mkdir build
$ cd build

2) cmake 설정

-KNL 노드 최적화 옵션으로 빌드

$ export FLAGS="-O3 -g -march=knl -mtune=knl"
$ export CFLAGS=$FLAGS
$ export CXXFLAGS=$FLAGS
$ export CC=mpicc
$ export CXX=mpicxx
$ export LD_LIBRARY_PATH=/opt/pbs/lib:$LD_LIBRARY_PATH

$ cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=[GROMACS를 설치할 경로] \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on \
-DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON \
-DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON -DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_SIMD=AVX_512_KNL \
-DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=64

※ GROMACS 는 Xeon Phi 아키텍처에 대한 지원을 2024 버전 부터 단계적으로 중단했습니다. 테스트 결과 누리온에서 컴파일 및 실행은 가능하였지만, KNL 노드에 대한 공식적인 지원(기능 개선, 버그 수정, 테스트 등)은 없음을 안내 드리며 활용 시 참고 부탁드립니다.

-SKL 노드 최적화 옵션으로 빌드

$ export FLAGS="-O3 -g -march=skylake-avx512 -mtune=skylake-avx512"
$ export CFLAGS=$FLAGS
$ export CXXFLAGS=$FLAGS
$ export CC=mpicc
$ export CXX=mpicxx
$ export LD_LIBRARY_PATH=/opt/pbs/lib:$LD_LIBRARY_PATH

$ cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=[GROMACS를 설치할 경로] \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on \
-DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON \
-DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON -DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_SIMD=AVX_512 \
-DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=32

3) make 실행

$ make 2>&1 |tee make.log
$ make install

설치가 완료되면 PREFIX로 입력한 경로에 GROMACS 실행 파일 및 라이브러리 등이 생성됩니다.