누리온 R-3.6.2 버전 설치 소개

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2020. 4. 10. 15:40

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 R-3.6.2 를 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온
OS Version	리눅스 / CentOS 7.3
CPU	Intel(R) Xeon(R) Gold 6126
컴파일러	gcc 4.8.5 Version
MPI
기타	CURL

나. 설치 전 환경 설정

안전한 설치를 위하여 디버그 노드에서 interactive 하게 접속하여 설치를 진행하며, 누리온 시스템의 기본 컴파일러인 gcc-4.8.5 를 사용하고 의존성 라이브러리인 CURL 을 환경설정하여 설치를 진행한다.

[ 디버그 노드 접속 ]

$ cds
$ qsub -I -V -l select=1:ncpus=68:ompthreads=1 -l walltime=04:00:00 -q debug -A etc

[ 환경 설정 ]

$ export PATH=/apps/common/curl/7.59.0/bin:$PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/apps/common/curl/7.59.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH

다. 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.

[설치과정]

$ tar -xzvf R-3.6.2.tar.gz
$ cd R-3.6.2
$ ./configure --prefix=/scratch/{USER_ID}/R --with-x=no </p>
LDFLAGS="-L/apps/common/readline/7.0/lib -L/apps/common/ncurses/6.1/lib -L/apps/common/bzip2/1.0.8/lib" </p>
CPPFLAGS="-I/apps/common/readline/7.0/include -I/apps/common/ncurses/6.1/include -I/apps/common/bzip2/1.0.8/include"


$ make -j 40
$ make install

※ 파란 색으로 표시된 {USER_ID} 위치에는 사용자의 ID로 작성해주어야 한다.

※ 설치 과정 중 prefix 경로는 설치 안내를 위한 경로이므로 사용자는 실제 사용할 경로를 지정하여 설치하면 된다.

※ 디버그 노드에서 interactive 작업을 수행하는 경우에는 -j 옵션을 이용하여 여러 core 의 사용이 가능하나 로그인 노드에서 작업을 수행하는 경우 해당 옵션의 사용이 제한된다.

라. 설치 확인 및 실행 예시

[ 설치 확인 ]

$ ls /scratch/{USER_ID}/R/bin/R
$ /scratch/{USER_ID}/R/bin/R --version

[ 실행 예시 ]

$ /scratch/{USER_ID}/R/bin/R
> dir.create('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6.2', showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
> .libPaths(new='~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6.2')
> .libPaths()