Abaqus

Abaqus 지침서

본 문서는 누리온 시스템에서 ABAQUS 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다.

따라서, ABAQUS 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다.

누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.

가. 사용 신청 시 유의사항

사용 가능 사용자 그룹 : 대학교/산업체(중소기업)/출연연구소 사용자
신규사용자의 경우 KSC 홈페이지 사용 신청서 작성 시 반드시 '사용할 애플리케이션'에 Abaqus를 명시하여야 합니다.
기존사용자의 경우 account@ksc.re.kr로 계정, 소속, 아이디를 명기하고 신청을 해주십시오.
산업체(중소기업) 소속의 경우 account@ksc.re.kr로 관련 서류(중소기업 확인서, 벤처기업 확인서 등)를 제출해야 합니다.
사용 중 소속이 변경되어 해당 소속에 해당되지 않는 경우 반드시 account@ksc.re.kr로 알려주시기 바랍니다.

나. 사용 정책

사용자별 최대 40개 CPU 코어 수행 가능합니다.
한정된 라이선스를 슈퍼컴 사용자들이 함께 사용하므로, 사용정책 기준을 초과하여 사용할 경우 해당 작업은 관리자가 강제 종료 합니다.
부득이하게 많은 라이선스가 필요할 경우, KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)를 통해 사전에 관리자와 협의해야 합니다.
작업 제출 전 "lic_check" 명령 에서 메뉴 선택을 통해 라이선스 상태를 확인 한 다음 작업을 제출하시기 바랍니다.
로그인 노드(login01~04)의 과부하 방지를 위해 로그인 노드에서의 pre/post 작업은 허가하지 않습니다. 다만, VDI를 통해서 일부 pre/post 작업이 가능합니다. (참고 : 누리온 VDI 지침서 - https://docs-ksc.gitbook.io/nurion-user-guide/undefined-2/appendix-9-how-to-use-vdi)
작업제출 스크립트에 "#PBS -A abaqus" 옵션을 사용해야 합니다.

다. 소프트웨어 설치 정보

1. 설치 버전

6.14-6, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023

2. 설치 위치

/apps/commercial/abaqus

3. 실행 파일 경로

/apps/commercial/abaqus/Commands 디렉터리 내 위치
- v6146 : /apps/commercial/abaqus/Commands/abq6146
- v2016 : /apps/commercial/abaqus/Commands/abq2016hf19
- v2017 : /apps/commercial/abaqus/Commands/abq2017hf13
- v2018 : /apps/commercial/abaqus/Commands/abq2018hf5
- v2019 : /apps/commercial/abaqus/Commands/abq2019hf5
- v2020 : /apps/commercial/abaqus/Commands/abq2020hf4
- v2021 : /apps/commercial/abaqus/Commands/abq2021
- v2022 : /apps/commercial/abaqus/Commands/abq2022
- v2023 : /apps/commercial/abaqus/Commands/abq2023hf7

4. env 파일 경로

/apps/commercial/abaqus 버전별 디렉터리 내 위치
- v6.14-6 : /apps/commercial/abaqus/6146/6.14-6/SMA/site/abaqus_v6.env
- v2016 : /apps/commercial/abaqus/2016/SimulationServices/V6R2016x/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env
- v2017 : /apps/commercial/abaqus/2017/SimulationServices/V6R2017x/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env
- v2018 : /apps/commercial/abaqus/2018/SimulationServices/V6R2018x/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env
- v2019 : /apps/commercial/abaqus/2019/SimulationServices/V6R2019x/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env
- v2020 : /apps/commercial/abaqus/2020/EstProducts/2020/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env
- v2021 : /apps/commercial/abaqus/2021/EstProducts/2021/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env
- v2022 : /apps/commercial/abaqus/2022/EstProducts/2022/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env
- v2023 : /apps/commercial/abaqus/2023/EstProducts/2023/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env

라. 소프트웨어 실행 방법

1. 실행 방법

다음과 같이 batch mode로 job을 실행하기 위한 명령어 입력

형식

[command] [option]

Commands

abq6146 (6-14.6버전)

abq2016hf19 (2016 버전)

abq2017hf13 (2017 버전)

abq2018hf5 (2018 버전)

abq2019hf5 (2019 버전) abq2020hf4 (2020 버전) abq2021 (2021 버전) abq2022 (2022 버전) abq2023hf7 (2023버전)

예제(6.14-6 버전)

abq6146 job=job_name [cpus=ncpus] [input=inp_file] [interactive]

abq6146 job=job_name oldjob=old_job_name

abq6146 help

abq6146 information=environment

abq6146 viewer [res=res_name]

파란 글씨 부분을 작업명, 사용코어 수, 입력 파일 명으로 수정 후 사용하시기 바랍니다.
Interactive 방식의 실행은 CPU time이 20분으로 제한되어 있습니다.
장시간의 계산 작업은 PBS라는 스케줄러를 이용하여 작업을 제출해야 합니다.
작업 제출 전 "lic_check" 명령을 실행하여 라이선스 상태를 확인 후 작업을 제출하시기 바랍니다.

2. 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

누리온 시스템에서는 로그인 노드에서 PBS라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다.
누리온 시스템에서 PBS 를 사용하는 예제 파일들이 아래의 경로에 존재하므로 사용자 작업용 파일을 만들 때 이를 참고하시기 바랍니다.
예제 파일 경로 - 6.14-6 버전
- /apps/commercial/test_samples/abaqus/abaqus_v6146.sh (단일노드에서 수행)
- /apps/commercial/test_samples/abaqus/abaqus_v6146_multinode.sh (멀티 노드에서 수행)
예제 파일 경로 - 2023 버전
- /apps/commercial/test_samples/abaqus/abaqus_v2023.sh (단일노드에서 수행)
- /apps/commercial/test_samples/abaqus/abaqus_v2023_multinode.sh (멀티 노드에서 수행)

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 ABAQUS 2023 버전에 대한 예제입니다. (단일노드에서 수행)

#!/bin/sh
#PBS -V
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q commercial
#PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=40:ompthreads=1
#PBS -l walltime=04:00:00
#PBS -A abaqus

cd $PBS_O_WORKDIR

###### Do not edit #####
TOTAL_CPUS=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')
#######################

cp /apps/commercial/abaqus/2023/EstProducts/2023/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env .
/apps/commercial/abaqus/Commands/abq2023hf7 job=c2 cpus=${TOTAL_CPUS} int

위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.
2019년 3월 PM 이후 부터는 "#PBS -A abaqus" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.
작업 제출은 스크래치 디렉토리에서만 가능 합니다.
사용자별 스크래치 디렉토리는 /scratch/$USER입니다.
스크래치 디스크는 작업 종료 후 일정 시간(2023년 8월 현재 정책: 15일)이 지나면 삭제되기 때문에, 작업이 완료 된경우 빠른 시일 내에 백업하시길 권장합니다.
기타 PBS에 관련된 명령어 및 사용법은 누리온 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 ABAQUS 2023 버전에 대한 예제입니다. (멀티노드에서 수행)

#!/bin/sh
#PBS -V
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q commercial
#PBS -l select=2:ncpus=20:mpiprocs=20:ompthreads=1
#PBS -l walltime=04:00:00
#PBS -A abaqus

cd $PBS_O_WORKDIR

###### Do not edit #####
export MPI_IC_ORDER=TCP
TOTAL_CPUS=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')
nodes="["
for n in $(sort -u $PBS_NODEFILE)
do
nodes="${nodes}['$n',$(grep -c $n $PBS_NODEFILE)],"
done
nodes=$(echo ${nodes} | sed -e "s/,$/]/")
echo "abaquslm_license_file=\"2501@vaccine02.ext\"" > abaqus_v6.env
echo "mp_host_list=${nodes}" >> abaqus_v6.env
########################

/apps/commercial/abaqus/Commands/abq2023hf7 job=c2 cpus=${TOTAL_CPUS} mp_mode=mpi int

위에서 빨간색으로 표기된 부분은 수정하지 마세요.
2019년 3월 PM 이후 부터는 "#PBS -A abaqus" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.
위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.
작업 제출은 스크래치 디렉토리에서만 가능 합니다.
사용자별 스크래치 디렉토리는 /scratch/$USER입니다.
스크래치 디스크는 작업 종료 후 일정 시간(2023년 8월 현재 정책: 15일)이 지나면 삭제되기 때문에, 작업이 완료 된경우 빠른 시일 내에 백업하시길 권장합니다.
기타 PBS에 관련된 명령어 및 사용법은 누리온 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.

3. 작업 제출 방법

예제 : 스크립트 파일 이름이 abaqus.sh 인 경우

$ qsub abaqus.sh

4. 작업 상태 확인

$ qstat (또는 qstat -u $USER)

5. 제출된 작업을 강제로 종료

사용 방법 : qdel
작업ID는 qstat 명령어 실행 시 제일 왼쪽에 표시 되는 정보입니다.(ex. 1771476.pbs)
예제 : 작업ID 가 1771476.pbs 인 경우

$ qdel  1771476.pbs

6. PBS 상에서 사용 가능한 자원 확인

$ pbs_status

라. abaqus 수행 오류 관련

6월 정기점검시 Lustre 파일시스템의 I/O 성능 향상을 위한 기능이 /scratch 파일시스템에 적용되었습니다.
이로 인해 현재 abaqus 수행시 아래와 같은 **[관련 오류 메시지]**가 출력되면서 파일 접근에 대한 오류가 발생할 수 있습니다. (다만, 특정 작업의 경우 오류 메시지가 출력되지 않고 작업이 R 상태로 진행되지 않을 수 있습니다.)
아래 오류 메시지와 유사한 파일 접근 오류가 발생하는 경우, 다음의 절차를 먼저 진행하시고 작업을 제출하시기 바랍니다.

[stripe count 설정 방법]

$ mkdir
$ lfs setstripe -c 4
$ cp *.inp # .inp 파일은 abaqus의 input 파일을 지칭합니다.
$ cp *.sh # .sh 파일은 abaqus 작업제출 스크립트를 지칭합니다.
$ cd
$ qsub

* : 입력 데이터가 위치하고 있으며, 출력 데이터가 기록될 디렉토리
* 하위 디렉토리를 생성하는 경우 동일한 작업을 수행하셔야 합니다.

※ restart 작업과 같이 기존 파일을 활용해야 하는 경우,\ (stripe count 설정을 수행한 디렉토리)로 cp 명령어를 이용하여 기존 파일을 복사하여 작업을 수행해주시기 바랍니다.\ (mv 명령어 사용 시 기존의 속성을 유지하기 때문에 오류가 발생할 수 있습니다.)

[관련 오류 메시지]

(1) ***ERROR: *** Error: Extend failed (utl_File: read)

(2) NOTE: DUE TO AN INPUT ERROR THE ANALYSIS PRE-PROCESSOR HAS BEEN UNABLE TO INTERPRET SOME DATA. SUBSEQUENT ERRORS MAY BE CAUSED BY THIS OMISSION

(3) terminate called after throwing an instance of 'utl_FileExceptionExtend'

ABAQUS/pre rank 0 received signal 6 (Aborted)

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Last updated 17 days ago