📔
활용정보
초보사용자 가이드누리온 지침서뉴론 지침서활용정보MyKSC 지침서
  • 활용정보
  • 1️⃣소프트웨어 설치
    • 누리온
      • LAMMPS
        • lammps-2Aug2023 설치 소개
        • lammps-3Mar20 설치 소개(SKL)
        • lammps-3Mar20 설치 소개(KNL)
        • lammps-12Dec18 설치 소개
      • GROMACS
        • GROMACS-2021.4 버전 설치 소개 (SKL)
        • GROMACS-2021.4 버전 설치 소개 (KNL)
        • GROMACS-2020.2 버전 설치 소개 (KNL)
        • GROMACS-2020.2 버전 설치 소개 (SKL)
        • GROMACS-2018.6 버전 설치 소개 (KNL)
        • GROMACS-2018.6 버전 설치 소개 (SKL)
        • GROMACS-5.1.4 설치
      • Quantum Espresso
        • Quantum Espresso-7.2 설치 소개
        • Quantum Espresso-6.6 설치 소개
        • Quantum Espresso-6.2.1 설치 소개
      • OpenFOAM
        • OpenFOAM-v1912 설치 소개
        • OpenFOAM-v1712 설치 소개
        • OpenFOAM-7 버전 설치 소개(SKL)
        • OpenFOAM-7 버전 설치 소개(KNL)
        • OpenFOAM-5.x 버전 설치 소개(SKL)
        • OpenFOAM-5.x 버전 설치 소개(KNL)
      • VASP
        • VASP 6.5.0 설치 소개
        • VASP 6.1.0 설치 소개
        • VASP 5.4.4 설치 (KNL)
        • VASP 5.4.4 설치 (SKL)
        • VASP 5.3.5 설치
      • 누리온 R-3.6.2 버전 설치 소개
      • CP2K
        • CP2K-6.1.0 버전 설치 소개
        • CP2K-5.1.0 버전 설치 소개
      • SIESTA
        • SIESTA 4.1-b3 설치(KNL)
        • SIESTA 4.1-b3 설치(SKL)
      • WRF-V3.9.1.1 설치
      • RASPA v2.0.47 설치 소개
      • gcc v8.1.0 설치
      • UPP v3.1 설치 소개
      • mpiP v3.4.1 설치 소개
      • V_Sim v3.7.2 설치 소개
      • foam-extend v3.1 설치 소개
      • ParaView v5.2.0 설치 소개
      • AutoDock Vina v1.1.2 설치 소개
      • DDSCAT v7.3.3 설치 소개
    • 뉴론
      • VASP
        • VASP 6.4.3 설치 (GPU)
        • VASP 5.4.4 설치 (GPU)
      • GROMACS
        • GROMACS-2018.6 (GPU 버전) 설치
        • GROMACS-2016.4 (GPU 버전) 설치
      • LAMMPS
        • lammps-16Mar18 (GPU 버전) 설치
      • NAMD 2.12 (GPU 버전) 설치
      • Quantum Espresso
        • Quantum Espresso-7.3 (GPU 버전) 설치
        • Quantum Espresso-6.6 (GPU 버전) 설치
        • Quantum Espresso-6.4 (GPU 버전) 설치
      • OpenFOAM-v1912 설치 소개 (SKL)
  • 2️⃣슈퍼컴퓨터 활용 팁
    • 공통
      • oneAPI 소개
      • AMD Instinct MI100 GPU 성능 테스트
      • Checkpoint 기능 관련 안내
      • 인터렉티브 작업 제출 예제
      • git 사용 방법 안내
      • PYTHON 2.7 EOL(End of Life) 안내
      • Conda 의 활용 소개
      • CPU 관련 오류 사항 ( illegal instruction )
      • vasp.5.4.4.18Apr17 Version Bug 이슈
      • 컴파일러별 AVX-512 옵션 정리
      • Linux(Unix) 에서 Text 파일 내용에 ^M 이 붙어 있는 경우 해결 방법
      • vasp.5.4.1.24Jun15 Version Bug 이슈
      • 오픈 소스 빌드 시에 OpenMP 체크 오류 (Intel 컴파일러)
      • X86_64 어셈블리 프로그래밍 기초
    • 누리온
      • MVAPICH2/MVAPICH2-X 성능 비교(VASP)
      • WRF
        • WRF 멀티노드 활용(SKL)
        • WRF 멀티노드 활용(KNL)
      • VASP
        • VASP 멀티노드 활용(SKL)
        • VASP 멀티노드 활용(KNL)
      • LAMMPS
        • LAMMPS 멀티노드 활용(SKL)
        • LAMMPS 멀티노드 활용(KNL)
      • Gromacs
        • Gromacs 멀티노드 활용 (SKL)
        • Gromacs 멀티노드 활용 (KNL)
      • QE
        • QE 멀티노드 활용(SKL)
        • QE 멀티노드 활용(KNL)
    • 뉴론
      • SSH Port Forwarding 을 통한 Jupyter 작업 실행
      • AMD 노드 활용
      • LAMMPS 멀티노드 활용
      • Gromacs 멀티노드 활용
      • OpenMPI 3.1.X 이슈 사항
      • MPI 환경설정 및 작업 제출 방법(2021.03)
  • 3️⃣동영상 지침서
    • 공통
      • 파일 전송 (FTP) 사용법
    • 누리온
      • 작업 제출 방법
      • 작업 스크립트 작성법
      • 슈퍼컴퓨터 모듈 사용법
      • 슈퍼컴퓨터 접속 방법 [Windows 사용자]
      • 슈퍼컴퓨터 접속 방법 [Mac 사용자]
    • 뉴론
      • 인터렉티브 작업 방법
      • Slurm 작업 제출 방법
      • conda 설정방법
      • 작업 스크립트 작성 방법
  • 4️⃣기타
    • 누리온
      • FAQ (2025.03)
      • 사용자 지침서 (2021.05)
      • 데스크톱 가상화(VDI)
      • TSMSF 사용자 지침서
      • i-PI 사용법 (LAMMPS)
      • 딥러닝 프레임워크 병렬화 사용법
      • Q-CHEM v5.2 사용자 지침서
      • ABAQUS 사용자 지침서(2020.12)
      • OpenFOAM 사용자 지침서
      • 가우시안16(Gaussian16) S/W 사용 안내 (2019.03)
      • ANSYS FLUENT 사용자 지침서(2020.03)
      • ANSYS CFX 사용자 지침서(2020.02)
      • NASTRAN 사용자 지침서(2020.02)
      • LS-DYNA 사용자 지침서(2020.02)
      • 가우시안16(Gaussian16) LINDA S/W 사용 안내 (2019.08)
    • 뉴론
      • 공유 노드 정책 변경에 따른 메모리 할당량 설정 안내
      • SLURM 스케줄러 Fairshare 스케줄링 정책
      • FAQ (2025.01)
      • OpenFOAM 사용자 지침서
      • Jupyter 사용자 지침서
      • 딥러닝 프레임워크 병렬화 사용법
      • Keras 기반 Multi GPU 사용 방법 (2020.10)
      • 가우시안16(Gaussian16) GPU S/W 사용 안내 (2019.08)
      • slurm 스케쥴러 기본 사용법 (2021.04)
      • 뉴론 시스템 개요(2021.04)
  • External Link
    • Nurion Guide(Eng)
    • Neuron Guide(Eng)
Powered by GitBook
On this page
  • 가. 누리온 인터렉티브 작업 제출
  • 나. 뉴론 인터렉티브 작업 제출
  • 1. 자원 할당
  • 2. 작업 실행
  • 3. 진입한 노드에서 나가기 또는 자원 할당 취소
  • 4. 커맨드를 통한 작업 삭제
  • 다. 누리온인터렉티브 작업 예제
  1. 슈퍼컴퓨터 활용 팁
  2. 공통

인터렉티브 작업 제출 예제

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2020. 6. 12. 10:05

KISTI 슈퍼컴퓨터 시스템에서는 기본적으로 스케줄러를 이용하여 작업을 제출하고 계산을 수행하도록 되어 있지만, 코드 개발이나 컴파일, 디버깅을 위해 자원을 할당받아 인터렉티브 모드로 작업을 수행할 수도 있다. 누리온과 뉴론은 각각 다른 스케줄러를 사용하고 있기 때문에 계산 자원을 할당받아 사용하는 명령은 다르다.

※ 2020년 6월 PM 이후, 2시간 이상 미사용시 타임아웃으로 작업이 종료되고 할당 받은 자원이 회수되며 인터렉티브 작업의 walltime은 최대 12시간으로 고정된다.

※ 인터렉티브 작업을 포함한 모든 작업 제출은 scratch 디렉토리에서 제출되어야 한다.

가. 누리온 인터렉티브 작업 제출

  • 인터렉티브 작업 제출

$ qsub -I -l select=1:ncpus=64:ompthreads=1 -l walltime=02:00:00 -q {큐 이름} -A {PBS 옵션 이름}
  • 인터렉티브 작업 제출 시 그래픽 환경 사용 (-X)

$ qsub -I -X -l select=1:ncpus=64:ompthreads=1 -l walltime=02:00:00 -q {큐 이름} -A {PBS 옵션 이름}
  • 인터렉티브 작업 제출 시 기존 환경변수 상속 (-V)

$ qsub -I -V -l select=1:ncpus=64:ompthreads=1 -l walltime=02:00:00 -q {큐 이름} -A {PBS 옵션 이름}

※ Application별 PBS 옵션 이름은 누리온 사용자 지침서를 참고하길 바람

(누리온 사용자 지침서 : www.ksc.re.kr/gsjw/jcs/hd)

나. 뉴론 인터렉티브 작업 제출

  • 인터렉티브 작업 제출

1. 자원 할당

* 설명 : cas_v100_4 파티션의 1개 노드, gpu 2개를interactive 용도로 사용

$ salloc --partition=cas_v100_4 -N 1 --gres=gpu:2 --comment={SBATCH 옵션이름}

※ Application별 SBATCH 옵션 이름표 참고

※ 2시간 이상 미사용시 타임아웃으로 작업이 종료되고 자원이 회수됨, 인터렉티브 작업의 walltime은 최대 12시간으로 고정됨

2. 작업 실행

$ srun ./(실행파일) (실행옵션)

3. 진입한 노드에서 나가기 또는 자원 할당 취소

$ exit

4. 커맨드를 통한 작업 삭제

$ scancel [Job_ID]

※ Job ID는 squeue 명령으로 확인 가능

다. 누리온인터렉티브 작업 예제

$ qsub -I -l select=1:ncpus=64:ompthreads=1 -l walltime=02:00:00 -q normal -A etc
qsub: waiting for job 5465046.pbs to start
qsub: job 5465046.pbs ready

[support@node4091 job_examples]$ module purge
[support@node4091 job_examples]$ module load craype-mic-knl intel/18.0.3 impi/18.0.3
[support@node4091 job_examples]$ mpiicc -o test_mpi.exe -O3 -fPIC -xCOMMON-AVX512 test_mpi.c
[support@node4091 job_examples]$ mpirun -np 4 ./test_mpi.exe

Hello World from Node 0
Hello World from Node 1
Hello World from Node 2
Hello World from Node 3

※ 뉴론의 경우, 작업 제출 방법과 module 이름이 다르니 자세한 내용은 뉴론 사용자 지침서 참고 바람

(뉴론 인터렉티브 작업제출 동영상 가이드 : blog.ksc.re.kr/189)

PreviousCheckpoint 기능 관련 안내Nextgit 사용 방법 안내

Last updated 1 year ago

2️⃣