GROMACS-2016.4 (GPU 버전) 설치

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 4. 30. 10:13

KISTI 뉴론 시스템에서 gromacs 2016.4 버전 실행 파일을 컴파일 하는 예시입니다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	뉴론 (GPU Cluster System)
OS Version	리눅스 / CentOS 7.9
CPU	Intel Xeon E5-2670 v2
컴파일러	intel compiler 2018.0.2
GPU	NVIDIA Tesla V100
기타	intel mkl mvapich2 2.3 CUDA 10.0

나. 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.

[GROMACS 소스 압축 풀기 & 빌드할 디렉토리 생성]

$ tar xzf gromacs-2016.4.tar.gz
$ cd gromacs-2016.4
$ mkdir build
$ cd build

• intel mkl 라이브러리를 사용하기 위해서는 아래의 cmake 명령을 참고하여 수행

[intel mkl 을 사용하기 위한 cmake 명령]

$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3
$ module load cmake/3.12.3
$ export CC=mpicc
$ export CXX=mpicxx
$ cmake -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON \
-DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \
-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/applications/GROMACS/2016.4 \
-DGMX_HWLOC=OFF \
..
$ make
$ make install

※ 옵션 - 설치할 디렉토리를 명시하고자 할때 : -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=<GROMACS_INSTALL_DIR> 를 추가

[참고] 뉴론시스템 상에서 slurm 스케쥴러를 이용한 간단한 테스트

[테스트 방법]

$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3 gromacs/2016.4
$ cp /apps/applications/test_samples/Gromacs/* .
$ tar xvzf water_GMX50_bare.tar.gz
$ gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr
$ gmx_mpi grompp -f rf.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_rf.tpr
$ sbatch gromacs.sh

[작업 스크립트 (gromacs.sh)]

#!/bin/sh
#SBATCH -J “gromacs_test”
#SBATCH -p ivy_v100_2
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 4
#SBATCH -o %x_%j.out
#SBATCH -e %x_%j.err
#SBATCH -t 00:30:00
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --comment gromacs
ulimit -s unlimited
srun gmx_mpi mdrun -ntomp 5 -dlb yes -nb gpu -nsteps 4000 -s ./topol_pme.tpr