GROMACS-2025.4 (GPU 버전) 설치

KISTI 뉴론 시스템에서 gromacs 2025.4 버전을 컴파일 하는 예시입니다.

가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	뉴론 (GPU Cluster System)
OS Version	Rocky 9.4 (Blue Onyx)
Architecture	x86_64
GPU	NVIDIA V100, A100, H100, H200
컴파일러	NVIDIA HPD SDK 25.11
MPI	OpenMPI 4.1.9
기타	CMAKE 4.2.1

나. 설치 전 환경 설정

뉴론 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다.

[ 환경 설정 ]

$ module purge
$ module load nvhpc/25.11_cuda12 cmake/4.2.1

다. gromacs-2025.4 버전 설치 과정

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.

[설치과정]

$ tar -xzf gromacs-2025.4.tar.gz
$ cd gromacs-2025.4/

$ mkdir build; cd build

$ cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=[gromacs를 설치할 경로] \
-DCMAKE_CUDA_COMPILER=$(which nvcc) \
-DCMAKE_C_COMPILER=$(which gcc) \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=$(which g++) \
-DGMX_MPI=ON \
-DGMX_GPU=CUDA \
-DGMX_CUDA_TARGET_SM="70;80;90" \
-DGMX_SIMD=AVX_256 \
-DGMX_USE_CUFFTMP=ON \
-DcuFFTMp_INCLUDE_DIR=/apps/compiler/nvidia_hpc_sdk/24.5/Linux_x86_64/24.5/math_libs/12.4/include/cufftmp \
-DcuFFTMp_LIBRARY=/apps/compiler/nvidia_hpc_sdk/24.5/Linux_x86_64/24.5/math_libs/12.4/lib64/libcufftMp.so \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DFFTWF_LIBRARY=/apps/libraries/fftw3/3.3.10/gcc/11.5.0/lib/libfftw3f.a \
-DFFTWF_INCLUDE_DIR=/apps/libraries/fftw3/3.3.10/gcc/11.5.0/include

$ make > make.log 2>&1
$ make install

※ "CMAKE_INSTALL_PREFIX" 에는 GROMACS를 설치할 사용자 디렉터리 경로를 입력합니다.

※ "GMX_CUDA_TARGET_SM" 는 GPU의 SM(Streaming Multiprocessor)을 지정하는 옵션으로 V100은 70, A100은 80, H100/H200은 90 입니다. 불필요한 SM을 제외하면 빌드 시간 및 실행파일 크기를 줄일 수 있으나, 해당 GPU에서만 실행 가능합니다.

※ "GMX_SIMD" 는 SIMD(벡터화) 명령어 집합을 지정하는 옵션으로 계산노드의 CPU에 맞게 더 높은 수준의 옵션을 선택하면 성능이 향상될 수 있습니다. 뉴론과 같이 여러 사양의 노드로 구성된 시스템에서는 공통으로 지원하는 SIMD를 선택하면 모든 계산노드에서 실행할 수 있습니다.