# AutoDock Vina v1.1.2 설치 소개

AutoDock Vina는 분자 도킹(Molecular Docking)을 수행하는 오픈소스 프로그램으로 주로 신약 개발 및 단백질-리간드(Ligand) 상호작용 연구에 활용되고 있습니다.

* AutoDock Vina 공식 홈페이지 : [https://vina.scripps.edu](https://vina.scripps.edu/)

이 문서에서는 AutoDock Vina 1.1.2 버전을 컴파일 하여 설치 하는 방법에 대해 예시로 소개합니다.

## **가. 설치 환경**

| 구분                      | 내용                       |
| ----------------------- | ------------------------ |
| 대상 시스템                  | 누리온                      |
| OS Version              | 리눅스 / CentOS 7.9         |
| CPU                     | <p>Intel Xeon Phi 7250   |
| <br>Intel Xeon 6148</p> |                          |
| 컴파일러                    | gcc 4.8.5 / intel 2018.3 |

## **나. 설치 전 환경 설정**

누리온 시스템에서는 PATH, LD\_LIBRARY\_PATH 설정을 손쉽게 하기 위해서 환경설정 툴인 Module이 구성되어 있으며 이하 설치 소개에서는 module load 를 이용한 환경설정 방법으로 안내 드립니다.

\[ 환경 설정 ]

#### 1) GNU 컴파일러 사용 시

* 별도의 환경설정 불필요

#### 2) intel 컴파일러 사용 시

<pre class="language-shell-session"><code class="lang-shell-session"><strong>$ module purge
</strong><strong>$ module load intel/18.0.3
</strong></code></pre>

## **다. AutoDock Vina-1.1.2 버전 설치 과정**

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.

\[설치과정]

```shell-session
$ tar -xzvf autodock_vina_1_1_2.tgz
$ cd autodock_vina_1_1_2
$ vi src/main/main.cpp
- - - - - [ main.cpp 파일 수정 내용] 참고 - - - - -


$ vi src/split/split.cpp
- - - - - [ split.cpp 파일 수정 내용] 참고 - - - - -


$ cd build/linux/release
$ vi Makefile
- - - - - [ Makefile 파일 수정 내용] 참고 - - - - -


$ make
$ ls vina
vina vina_split
```

**※ 컴파일러 버전 호환성 문제로 GNU 컴파일러는 반드시 시스템 기본 컴파일러(4.8.5)를 사용**

\[main.cpp 파일 수정 내용]

```cpp
line 50:
<수정 전>
return path(str, boost::filesystem::native);
<수정 후>
return path(str);

line 664:
<수정 전>
std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.native_file_string() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n";
<수정 후>
std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.filename() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n";

line 676:
<수정 전>
std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.native_file_string() <"\": " <e.reason <'\n';
<수정 후>
std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.filename() <"\": " <e.reason <'\n';
```

\[split.cpp 파일 수정 내용]

```cpp
line 41:
<수정 전>
return path(str, boost::filesystem::native);
<수정 후>
return path(str);

line 211:
<수정 전>
std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.native_file_string() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n";
<수정 후>
std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.filename() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n";

line 223:
<수정 전>
std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.native_file_string() <"\": " <e.reason <'\n';
<수정 후>
std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.filename() <"\": " <e.reason <'\n';
```

\[Makefile 파일 수정 내용]

* GNU 컴파일러 사용 시

```makefile
BASE=/apps/common/boost/1.68.0
BOOST_VERSION=1_68
BOOST_INCLUDE = $(BASE)/include
C_PLATFORM= -static -pthread -L/apps/compiler/gcc/7.2.0/lib64
GPP=g++
C_OPTIONS= -O3 -DNDEBUG
BOOST_LIB_VERSION=\
include ../../makefile_common
```

* intel 컴파일러 사용 시

```makefile
BASE=/apps/common/boost/1.68.0
BOOST_VERSION=1_68
BOOST_INCLUDE = $(BASE)/include
C_PLATFORM= -static -pthread -L/apps/compiler/gcc/7.2.0/lib64
GPP=icpc
C_OPTIONS= -O3 -DNDEBUG
BOOST_LIB_VERSION=
include ../../makefile_common
```


---

# Agent Instructions: Querying This Documentation

If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question.

Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter:

```
GET https://docs-ksc.gitbook.io/blog/install/nurion/nurion-autodock-vina-1.1.2-install.md?ask=<question>
```

The question should be specific, self-contained, and written in natural language.
The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation.

Use this mechanism when the answer is not explicitly present in the current page, you need clarification or additional context, or you want to retrieve related documentation sections.