KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 AutoDock Vina-1.1.2 Source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다.
가. 설치 환경
구분
내용
대상 시스템
누리온
OS Version
리눅스 / CentOS 7.7
CPU
Intel(R) Xeon(R) Gold 6126
컴파일러
gcc 4.8.5 / intel 2018.3
MPI
기타
나. 설치 전 환경 설정
누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여
환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,
이하 설치 소개에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.
[ 환경 설정 ]
1) GNU 컴파일러 사용 시
별도의 환경설정 불필요
2) intel 컴파일러 사용 시
$ module load intel/18.0.3
다. AutoDock Vina-1.1.2 버전 설치 과정
설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,
소스 파일 다운로드 등은 생략한다.
[설치과정]
$ tar -xzvf autodock_vina_1_1_2.tgz
$ cd autodock_vina_1_1_2
$ vi src/main/main.cpp
- - - - - [ main.cpp 파일 수정 내용] 참고 - - - - -
$ vi src/split/split.cpp
- - - - - [ split.cpp 파일 수정 내용] 참고 - - - - -
$ cd build/linux/release
$ vi Makefile
- - - - - [ Makefile 파일 수정 내용] 참고 - - - - -
$ make
$ ls vina
vina vina_split
※ 컴파일러 버전 호환성 문제로 GNU 컴파일러는 반드시 시스템 기본 컴파일러(4.8.5)를 사용해야 한다.
[main.cpp 파일 수정 내용]
line 50:<수정 전>returnpath(str, boost::filesystem::native);<수정 후>returnpath(str);line 664:<수정 전>std::cerr <"\n\nError: could not open \""<e.name.native_file_string() <"\" for "<(e.in ?"reading":"writing") <".\n";<수정 후>std::cerr <"\n\nError: could not open \""<e.name.filename() <"\" for "<(e.in ?"reading":"writing") <".\n";line 676:<수정 전>std::cerr <"\n\nParse error on line "<e.line <" in file \""<e.file.native_file_string() <"\": "<e.reason <'\n';<수정 후>std::cerr <"\n\nParse error on line "<e.line <" in file \""<e.file.filename() <"\": "<e.reason <'\n';
[split.cpp 파일 수정 내용]
line 41:<수정 전>returnpath(str, boost::filesystem::native);<수정 후>returnpath(str);line 211:<수정 전>std::cerr <"\n\nError: could not open \""<e.name.native_file_string() <"\" for "<(e.in ?"reading":"writing") <".\n";<수정 후>std::cerr <"\n\nError: could not open \""<e.name.filename() <"\" for "<(e.in ?"reading":"writing") <".\n";line 223:<수정 전>std::cerr <"\n\nParse error on line "<e.line <" in file \""<e.file.native_file_string() <"\": "<e.reason <'\n';<수정 후>std::cerr <"\n\nParse error on line "<e.line <" in file \""<e.file.filename() <"\": "<e.reason <'\n';