SIESTA 5.4.2 설치

누리온 시스템에서 SIESTA 5.4.2 버전을 컴파일 하는 방법에 대해 예시로 소개합니다.

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가. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온
OS Version	리눅스 / CentOS 7.9
CPU	Intel Xeon Phi 7250 Intel Xeon 6148
컴파일러	Intel oneAPI 21.2
MPI	IntelMPI 2021.2
기타	Intel Math Kernel Library(MKL)

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나. 설치 전 환경 설정

누리온 시스템에서는 PATH, LD_LIBRARY_PATH 설정을 손쉽게 하기 위해서 환경설정 툴인 Module이 구성되어 있으며 이하 설치 소개에서는 module load 를 이용한 환경설정 방법으로 안내 드립니다.

[ 환경 설정 ]

$ module purge
$ module load intel/oneapi_21.2 impi/oneapi_21.2
$ module load craype-mic-knl netcdf-hdf5-parallel/4.6.1 cmake/3.26.2 git/2.35.1

SIESTA 는 check 과정을 포함하고 있으며 KNL CPU 타입 전용 옵션(-xMIC-AVX512) 사용을 위해서는 KNL 계산노드에서 빌드해야 합니다. normal, long, flat, debug 큐로 작업 제출하실 때는 디버깅 노드에서 설치 진행하시기 바랍니다.

[ 디버깅 노드 접속 ]

$ qsub -I -q debug -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4:ompthreads=1 -l walltime=03:00:00 -A etc

※ debug 큐 계산노드 4 cores를 요청한 예시이며 필요에 따라 ncpus를 수정하여 작업 제출 하시기 바랍니다.

※ SKL 노드는 디버깅 노드 접속 없이 로그인 노드에서 빌드 진행하시면 됩니다. (norm_skl, commercial 큐)

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다. 설치 과정

[설치과정]

- 파일 다운로드 및 압축해제
$ wget https://gitlab.com/siesta-project/siesta/-/archive/5.4.2/siesta-5.4.2.tar.gz
$ tar -xzf siesta-5.4.2.tar.gz
$ cd siesta-5.4.2

- config.sh 작성 
$ vi config.sh
-- config.sh 작성 --

- 빌드 디렉터리 생성 및 config.sh 실행
$ mkdir build
$ cd build
$ sh ../config.sh

- make 실행
$ make -j4 2>&1 |tee make.log
$ make install

[config.sh 파일 내용]

cmake .. \
-DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
-DCMAKE_C_COMPILER=icc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc \
-DCMAKE_Fortran_COMPILER=ifort \
-DMPI_C_COMPILER=mpiicc \
-DMPI_Fortran_COMPILER=mpiifort \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=[SIESTA 5.4.2를 설치할 경로] \
-DSIESTA_WITH_FLOOK=OFF \
-DLAPACK_LIBRARY="-L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential" \
-DBLAS_LIBRARY="-L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential" \
-DSCALAPACK_LIBRARY="-L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential" \
-DNetCDF_INCLUDE_DIRS="${PNETCDF4}/include"

※ DCMAKE_INSTALL_PREFIX는 SIESTA 실행파일 등을 설치할 경로 입력