KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-12Dec18 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다..
가. 설치 환경
구분
내용
대상 시스템
누리온
OS Version
리눅스 / CentOS 7.3
CPU
Intel(R) Xeon(R) Gold 6126
컴파일러
Intel 2018.3 Version
MPI
IntelMPI 2018.3 Version
기타
Intel MKL Math Library
나. 설치 전 환경 설정
KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.
[ 환경 설정 ]
$ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3
다. 설치 과정
설치 과정 소개는 tar를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다. (다운로드URL : https://lammps.sandia.gov/tars/)
설치 경로는 ${HOME}/lammps/12DEC18을 사용하였다. 이 위치는 사용자에게 맞는 위치로 변경하여야 한다.
1. VORO++ 설치
(다운로드 : http://math.lbl.gov/voro++/download/)
VORONOI 패키지 설치를 위한 voro++를 우선 설치한다.
[설치과정]
$ tar xvf voro++-0.4.6.tar.gz
$ cd voro++-0.4.6
$ mkdir -p ${HOME}/build/library
$ vi config.mk
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ make
$ make install
$ cd lib/awpmd
$ vi Makefile.lammps.linalg
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ vi Makefile.mpi
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ make -f Makefile.mpi
$ cd ../../
$ cd lib/atc
$ vi Makefile.lammps.linalg
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ vi Makefile.mpi
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ make -f Makefile.mpi
$ cd ../../
$ cd lib/reax
$ make -f Makefile.ifort
$ cd ../../
8) latte 설치
[설치과정]
$ cd lib/latte
$ ln -s ${HOME}/build/LATTE-1.2.1/src includelink
$ ln -s ${HOME}/build/LATTE-1.2.1 liblink
$ ln -s ${HOME}/build/LATTE-1.2.1/src/latte_c_bind.o filelink.o
$ vi Makefile.lammps.mpi
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ cd ../../
lammps 설치 디렉토리($HOME/build/lammps-12Dec18) 아래 src 폴더로 이동한다.
package 선택 및 설치
사용하는 사용자의 연구내용에 맞추어 필요한 package를 선택하여 설치한다. 여기서는 기본적으로 많이 사용되는 package를 위주로 설치하였다.
설치과정
$ cd src
$ make package-status
$ make yes-standard
$ make yes-message
$ make no-GPU
$ make no-PYTHON
$ make no-kim
$ make no-KOKKOS
$ make no-MSCG
$ make yes-USER-ATC
$ make yes-USER-AWPMD
$ make yes-USER-MEAMC
$ make yes-USER-OMP
$ make yes-USER-REAXC
$ make package-status
$ vi MAKE/Makefile.mpi
-- 수정 사항은 아래 내용 참고 --
$ vi Makefile.package.settings
-- 수정 사항은 아래 내용 참고 --
$ make mpi
package 선택 확인
standard package 선택
standard package 중 gpu package 제외
standard package 중 PYTHON package 제외
standard package 중 kim package 제외
standard package 중 KOKKOS package 제외
standard package 중 MSCG package 제외
package 선택 확인
include ../../lib/awpmd/Makefile.lammps
include ../../lib/atc/Makefile.lammps
include ../../lib/message/Makefile.lammps.nozmq
include ../../lib/voronoi/Makefile.lammps
include ../../lib/reax/Makefile.lammps
include ../../lib/poems/Makefile.lammps
include ../../lib/meam/Makefile.lammps
include ../../lib/latte/Makefile.lammps.mpi
include ../../lib/compress/Makefile.lammps
라. 실행 파일 복사
설치가 완료되면 사용에 편의를 위해 bin 경로를 만들어 실행 파일인 lmp_mpi를 bin 경로에 복사한다.(선택사항)
$ ls -l lmp_mpi
$ cd ${HOME}/build/lammps-12Dec18/
$ mkdir bin
$ cp ${HOME}/build/lammps-12Dec18/src/lmp_mpi/bin .
마. 누리온에서 LAMMPS 사용을 위한 PBS 작업 스크립트 예제
위의 과정을 거처 설치된 lammps는 누리온 환경에서 다음과 같이 실행이 가능하다.
누리온에서 작업을 제출하기 위해서는 PBS 작업 스크립트를 사용하여야 한다.