KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-3Mar20 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.
가. 설치 환경
구분
내용
대상 시스템
누리온
OS Version
리눅스 / CentOS 7.7
CPU
Intel(R) Xeon(R) Gold 6126
컴파일러
Intel 2019.5 Version
MPI
IntelMPI 2019.5 Version
기타
Intel MKL Math Library
나. 설치 전 환경 설정
KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.
환경 설정
$ module load intel/19.0.5 impi/19.0.5
다. 설치 과정
설치 과정 소개는 tar를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다. (다운로드 : https://lammps.sandia.gov/tars/)
설치 경로는 ${HOME}/lammps/3Mar20을 사용하였다. 이 위치는 사용자에게 맞는 위치로 변경하여야 한다.
1. VORO++ 설치
(다운로드 : http://math.lbl.gov/voro++/download/)
VORONOI 패키지 설치를 위한 voro++를 우선 설치한다.
설치과정
$ tar xvf voro++-0.4.6.tar.gz
$ cd voro++-0.4.6
$ mkdir -p ${HOME}/build/library
$ vi config.mk
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ make
$ make install
$ cd lib/awpmd
$ vi Makefile.lammps.linalg
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ vi Makefile.mpi
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ make -f Makefile.mpi
$ cd ../../
$ cd lib/atc
$ vi Makefile.lammps.linalg
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ vi Makefile.mpi
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ make -f Makefile.mpi
$ cd ../../
$ cd lib/linalg
$ vi Makefile.mpi
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ make -f Makefile.mpi
$ cd ../../
[Makefile.mpi 수정 사항]
FC=mpiifortFFLAGS=-O3-fPICFFLAGS0=-O0-fPIC
6) latte 설치
[설치과정]
$ cd lib/latte
$ ln -s ${HOME}/build/LATTE-1.2.1/src includelink
$ ln -s ${HOME}/build/LATTE-1.2.1 liblink
$ ln -s ${HOME}/build/LATTE-1.2.1/src/latte_c_bind.o filelink.o
$ vi Makefile.lammps.mpi
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ cd ../../
$ cd lib/plumed
$ vi Install.py
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ cd ../../src
$ make lib-plumed args="-b"
$ cd ..
[Install.py 수정 사항]
cmd = 'cd %s/plumed-%s; ./configure --prefix=%s --enable-static-patch CXX=mpiicpc ; make -j%d ; make install' % (homepath,version,homedir,n_cpus)
4. LAMMPS 설치
lammps 설치 디렉토리(${HOME}/build/lammps-3Mar20) 아래 src 폴더로 이동한다.
package 선택 및 설치
사용하는 사용자의 연구내용에 맞추어 필요한 package를 선택하여 설치한다. 여기서는 기본적으로 많이 사용되는 package를 위주로 설치하였다.
설치과정
$ cd src
$ make package-status
$ make yes-standard
$ make yes-message
$ make no-GPU
$ make no-PYTHON
$ make no-kim
$ make no-KOKKOS
$ make no-MSCG
$ make yes-USER-ATC
$ make yes-USER-AWPMD
$ make yes-USER-MEAMC
$ make yes-USER-OMP
$ make yes-USER-REAXC
$ make yes-USER-PLUMED
$ make package-status
$ vi MAKE/Makefile.mpi
-- 수정 사항은 아래 내용 참고 --
$ vi Makefile.package.settings
-- 수정 사항은 아래 내용 참고 --
$ make mpi
package 선택 확인
standard package 선택
standard package 중 gpu package 제외
standard package 중 PYTHON package 제외
standard package 중 kim package 제외
standard package 중 KOKKOS package 제외
standard package 중 MSCG package 제외
package 선택 확인