# lammps-3Mar20 설치 소개(SKL) KISTI 누리온 시스템에서 SKL 계산노드용 lammps-3Mar20 버전 실행 파일을 컴파일하는 예시입니다. ## **가. 설치 환경** | 구분 | 내용 | | ---------- | ------------------------------- | | 대상 시스템 | 누리온 | | OS Version | 리눅스 / CentOS 7.9 | | CPU | Intel Xeon 6148 | | 컴파일러 | Intel 2019.5 Version | | MPI | IntelMPI 2019.5 Version | | 기타 | Intel Math Kernel Library (MKL) | ## **나. 설치 전 환경 설정** KISTI 시스템은 PATH, LD\_LIBRARY\_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있습니다. 이하 설치 예시 에서는 module load를 이용하여 설치 진행합니다. * **환경 설정** ```shell-session $ module purge $ module load intel/19.0.5 impi/19.0.5 ``` *** ## **다. 설치 과정** 설치 과정 소개는 tar를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다. (다운로드 : ) 설치 경로는 **${HOME}/lammps/3Mar20**을 예시로 사용하였으며, 사용자 분에게 적합한 위치로 변경하여 설치 진행하시기 바랍니다. ### **1. VORO++ 설치** (다운로드 : ) VORONOI 패키지 설치를 위한 voro++를 우선 설치합니다. ```shell-session 설치과정 $ tar xvf voro++-0.4.6.tar.gz $ cd voro++-0.4.6 $ mkdir -p ${HOME}/build/library $ vi config.mk ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ make $ make install ``` *** \[config.mk 수정 사항] ```shell-session CXX=mpiicpc CFLAGS= -Wall -ansi -pedantic -O3 -fPIC E_INC= -I../../src E_LIB= -L../../src PREFIX= ${HOME}/build/library INSTALL= install IFLAGS_EXEC= -m 0755 IFLAGS= -m 0644 ``` ### **2. LATTE 설치** (다운로드 : ) LATTTE 패키지 설치를 위한 Latte 라이브러리를 설치합니다. 다운로드 받은 파일을 적당한 위치($HOME/build)에 올린 후 다음과 같은 명령으로 압축 묶음 파일을 압축 해제합니다. \[설치과정] 
$ cd ${HOME}/build
$ tar xzvf LATTE-1.2.1.tar.gz
$ cd LATTE-1.2.1
$ vi makefile.CHOICES
----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 -----
$ make
\[makefile.CHOICES 수정 사항] ```makefile # # CPU Fortran options # #For GNU compiler: #FC = mpif90 #FC = gfortran #FCL = $(FC) #FFLAGS = -O3 -fopenmp -cpp #FFLAGS = -fast -Mpreprocess -mp #LINKFLAG = -fopenmp #For intel compiler: FC = ifort FCL = $(FC) FFLAGS = -O3 -fpp -qopenmp LINKFLAG = -qopenmp #LIB = -mkl=parallel #GNU BLAS/LAPACK libraries: #LIB = -llapack -lblas #Intel MKL BLAS/LAPACK libraries: LIB = -Wl,--no-as-needed -L${MKLROOT}/lib/intel64 \ -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_core \ -lmkl_gnu_thread -lmkl_core -ldl -lpthread -lm #Alternative flags for MKL: LIB += -mkl=parallel # # GPU options # #GPU_CUDA_LIB = -L/opt/cudatoolkit-5.5/lib64 -lcublas -lcudart #GPU_ARCH = sm_20 ``` ### **3. 라이브러리 패키지 설치** LAMMPS 홈페이지로부터 다운로드 받은 파일을 적당한 위치($HOME/build)에 올린 후 다음과 같은 명령으로 압축 묶음 파일을 압축 해제합니다. ```shell-session $ tar xzvf lammps-3Mar20.tar.gz ``` #### 1) voronoi 설치 (1)에서 설치한 voro++ 설치 디렉토리를 지정해 줍니다. lammps 압축 해제후 lammps-3Mar20 폴더로 이동하여 아래의 작업을 진행합니다. \[설치과정] ```shell-session $ cd lammps-3Mar20 $ cd lib/voronoi $ ln -s ${HOME}/build/library/include/voro++ includelink $ ln -s ${HOME}/build/library/lib liblink $ cd ../../ ``` #### 2) poems 설치 \[설치과정] ```shell-session $ cd lib/poems $ vi Makefile.mpi ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ make -f Makefile.mpi $ cd ../../ ``` \[Makefile.mpi 수정 사항] ```makefile CC = mpiicpc CCFLAGS = -O3 -g -fPIC -Wall #-Wno-deprecated ARCHIVE = ar ARCHFLAG = -rc DEPFLAGS = -M LINK = mpiicpc ``` #### 3) awpmd 설치 \[설치과정] ```shell-session $ cd lib/awpmd $ vi Makefile.lammps.linalg ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ vi Makefile.mpi ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ make -f Makefile.mpi $ cd ../../ ``` \[Makefile.lammps.installed 수정 사항] ```makefile user-atc_SYSINC = user-atc_SYSLIB = -llinalg user-atc_SYSPATH = -L../../lib/linalg$(LIBOBJDIR) ``` \[Makefile.mpi 수정 사항] ```makefile CC = mpiicpc ``` #### 4) atc 설치 \[설치과정] ```shell-session $ cd lib/atc $ vi Makefile.lammps.linalg ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ vi Makefile.mpi ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ make -f Makefile.mpi $ cd ../../ ``` \[Makefile.lammps.linalg 수정 사항] ```makefile user-atc_SYSINC = user-atc_SYSLIB = -llinalg user-atc_SYSPATH = -L../../lib/linalg$(LIBOBJDIR) ``` \[Makefile.mpi 수정 사항] ```makefile CC = mpiicpc ``` #### 5) linalg 설치 \[설치과정] ```shell-session $ cd lib/linalg $ vi Makefile.mpi ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ make -f Makefile.mpi $ cd ../../ ``` \[Makefile.mpi 수정 사항] ```bash FC = mpiifort FFLAGS = -O3 -fPIC FFLAGS0 = -O0 -fPIC ``` #### 6) latte 설치 \[설치과정] ```shell-session $ cd lib/latte $ ln -s ${HOME}/build/LATTE-1.2.1/src includelink $ ln -s ${HOME}/build/LATTE-1.2.1 liblink $ ln -s ${HOME}/build/LATTE-1.2.1/src/latte_c_bind.o filelink.o $ vi Makefile.lammps.mpi ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ cd ../../ ``` \[Makefile.lammps.mpi 수정 사항] ```makefile latte_SYSINC = latte_SYSLIB = ../../lib/latte/filelink.o -llatte -llinalg -lifport -lifcore latte_SYSPATH = -L../../lib/linalg -qopenmp ``` #### 7) message 설치 \[설치과정] ```shell-session $ cd lib/message/cslib/src $ vi Makefile ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ make lib_parallel zmq=no $ cp libcsmpi.a libmessage.a $ cd ../../../../ ``` \[Makefile 수정 사항] ```makefile ifeq ($(MPI),YES) CC = mpiicpc else CCFLAGS += -I./STUBS_MPI LIB = libcsnompi.a SHLIB = libcsnompi.so endif ``` #### 8) plumed 설치 \[설치과정] ```shell-session $ cd lib/plumed $ vi Install.py ----- 수정 사항은 아래의 내용 참고 ----- $ cd ../../src $ make lib-plumed args="-b" $ cd .. ``` \[Install.py 수정 사항] ``` cmd = 'cd %s/plumed-%s; ./configure --prefix=%s --enable-static-patch CXX=mpiicpc ; make -j%d ; make install' % (homepath,version,homedir,n_cpus) ``` ### **4. LAMMPS 설치** lammps 설치 디렉토리(${HOME}/build/lammps-3Mar20) 아래 src 폴더로 이동합니다. * package 선택 및 설치 사용하는 사용자의 연구내용에 맞추어 필요한 package를 선택하여 설치합니다. 여기서는 기본적으로 많이 사용되는 package를 위주로 설치하였습니다. | 설치과정 | | | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |

$ cd src
$ make package-status
$ make yes-standard
$ make yes-message
$ make no-GPU
$ make no-PYTHON
$ make no-kim
$ make no-KOKKOS
$ make no-MSCG
$ make yes-USER-ATC
$ make yes-USER-AWPMD
$ make yes-USER-MEAMC
$ make yes-USER-OMP
$ make yes-USER-REAXC
$ make yes-USER-PLUMED

$ make package-status
$ vi MAKE/Makefile.mpi
-- 수정 사항은 아래 내용 참고 --
$ vi Makefile.package.settings
-- 수정 사항은 아래 내용 참고 --


$ make mpi

|

package 선택 확인
standard package 선택

standard package 중 gpu package 제외
standard package 중 PYTHON package 제외
standard package 중 kim package 제외
standard package 중 KOKKOS package 제외
standard package 중 MSCG package 제외







package 선택 확인





| \[MAKE/Makefile.mpi 수정 사항] ```makefile CC = mpiicpc OPTFLAGS = -xCORE-AVX512 -O3 -fp-model fast=2 -no-prec-div -qoverride-limits CCFLAGS = -qopenmp -qno-offload -fno-alias -ansi-alias -restrict \ -DLMP_INTEL_USELRT -DLMP_USE_MKL_RNG $(OPTFLAGS) CCFLAGS += -I/apps/compiler/intel/19.0.5/mkl/include -lmkl_rt SHFLAGS = -fPIC DEPFLAGS = -M LINK = mpiicpc LINKFLAGS = -qopenmp $(OPTFLAGS) LIB = SIZE = size ARCHIVE = ar ARFLAGS = -rc SHLIBFLAGS = -shared FFT_INC = -DFFT_MKL -DFFT_SINGLE FFT_PATH = FFT_LIB = -L${MKLROOT}/lib/intel64/ -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core ``` \[Makefile.package.settings 수정 사항] ```makefile include ../../lib/plumed/Makefile.lammps include ../../lib/awpmd/Makefile.lammps include ../../lib/atc/Makefile.lammps include ../../lib/message/Makefile.lammps.nozmq include ../../lib/voronoi/Makefile.lammps include ../../lib/poems/Makefile.lammps include ../../lib/latte/Makefile.lammps.mpi include ../../lib/compress/Makefile.lammps ``` ## **라. 실행 파일 복사** 설치가 완료되면 사용에 편의를 위해 bin 경로를 만들어 실행 파일인 lmp\_mpi를 bin 경로에 복사합니다. (선택사항) ```shell-session $ ls -l lmp_mpi $ cd ${HOME}/build/lammps-3Mar20/ $ mkdir bin $ cp ${HOME}/build/lammps-3Mar20/src/lmp_mpi . ``` ## **마. 누리온에서 LAMMPS 사용을 위한 PBS 작업 스크립트 예제** 위의 과정을 거처 설치된 lammps는 누리온 환경에서 다음과 같이 실행이 가능합니다. 누리온에서 작업을 제출하기 위해서는 PBS 작업 스크립트를 사용하여야 하며 실행 예제로 examples/meam 아래의 데이터를 이용하였습니다. \[작업스크립트 예제(lammps\_test-run.sh)] ```bash #!/bin/sh #PBS -V #PBS -N lammps_job_test #PBS -q norm_skl #PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=40:ompthreads=1 #PBS -l walltime=00:30:00 #PBS -A lammps cd $PBS_O_WORKDIR module purge module load intel/19.0.5 impi/19.0.5 export PATH=${HOME}/build/lammps-3Mar20/bin:$PATH mpirun lmp_mpi -in in.meamc exit 0 ``` --- # Agent Instructions: Querying This Documentation If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question. Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter: ``` GET https://docs-ksc.gitbook.io/blog/install/nurion/lammps/nurion-lammps-3mar20-install-skl.md?ask= ``` The question should be specific, self-contained, and written in natural language. The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation. Use this mechanism when the answer is not explicitly present in the current page, you need clarification or additional context, or you want to retrieve related documentation sections.