Intel Xeon Phi 7250
Intel Xeon 6148
| | Compiler | Intel oneAPI 21.2 | | MPI | Intel MPI 21.2 | | 기타 | Intel Math Kernel Library (MKL) | ## 나. 설치 전 환경설정 누리온 시스템에서는 PATH, LD\_LIBRARY\_PATH 설정을 손쉽게 하기 위해서 환경설정 툴인 Module이 구성되어 있으며 이하 설치 소개에서는 module load 를 이용한 환경설정 방법으로 안내합니다. ``` $ source /apps/compiler/intel/oneapi_21.2/setvars.sh $ module purge $ module load intel/oneapi_21.2 impi/oneapi_21.2 ``` ※ 설치 시에만 source 적용이 필요하며 이후에는 module 만 load 하고 작업을 수행하면 됩니다. ## 다. 설치과정 ※ lammps 다운로드 예시 ``` $ wget https://github.com/lammps/lammps/archive/refs/tags/stable_2Aug2023_update4.tar.gz ``` ※ 아래는 일부 패키지 설치 예시이며 필요하지 않은 패키지는 생략하고 설치 진행하여도 무방합니다. 다만, make 단계에서 package 세팅 시 해당 패키지를 제외하고 make를 진행해야 오류가 발생하지 않습니다. ※ plumed 를 제외한 예시 패키지는 모두 ${MY\_LAMMPS\_DIR}/lib 에서 설치 진행합니다. MY\_LAMMPS\_DIR 은 lammps 를 압축 해제한 디렉터리 입니다. ※ package에 따라 추가적인 설치 과정이나 make 파일 수정이 필요할 수 있습니다. ### 1. lammps 압축 해제 및 디렉터리 설정 ``` $ tar -xzf stable_2Aug2023_update4.tar.gz $ cd lammps-stable_2Aug2023_update4 # 현재 경로를 MY_LAMMPS_DIR 로 설정 $ export MY_LAMMPS_DIR=$PWD ``` ### 2. 옵션 패키지 설치 과정 예시 #### voro++ 설치 ``` $ wget https://math.lbl.gov/voro++/download/dir/voro++-0.4.6.tar.gz $ tar -xzf voro++-0.4.6.tar.gz $ cd voro++-0.4.6 $ mkdir -p ${MY_LAMMPS_DIR}/build/library $ cp config.mk bak_config.mk $ vi config.mk -수정 내용- CXX=mpiicpc PREFIX=${MY_LAMMPS_DIR}/build/library $ make > make.log 2>&1 $ make install # 디렉터리 변경 $ cd $MY_LAMMPS_DIR/lib/voronoi $ ln -s ${MY_LAMMPS_DIR}/build/library/include/voro++ includelink $ ln -s ${MY_LAMMPS_DIR}/build/library/lib liblink ``` #### poems 설치 ``` $ cd ../poems (절대 경로 : cd ${MY_LAMMPS_DIR}/lib/poems) $ cp Makefile.mpi bak_Makefile.mpi $ vi Makefile.mpi -수정 내용- CC = mpiicpc -std=c++11 LINK = mpiicpc -std=c++11 $ make -f Makefile.mpi > make.log 2>&1 ``` #### awpmd 설치 ``` $ cd ../awpmd (절대 경로 : cd ${MY_LAMMPS_DIR}/lib/awpmd) $ cp Makefile.lammps.linalg bak_Makefile.lammps.linalg $ vi Makefile.lammps.linalg -수정 내용- (수정이 필요하지 않은 경우 저장하지 않고 vim 종료) awpmd_SYSLIB = -llinalg $ cp Makefile.mpi bak_Makefile.mpi $ vi Makefile.mpi - 수정 내용- CC = mpiicpc -std=c++11 $ make -f Makefile.mpi > make.log 2>&1 ``` #### atc 설치 ``` $ cd ../atc (절대 경로 : cd ${MY_LAMMPS_DIR}/lib/atc) $ cp Makefile.lammps.linalg bak_Makefile.lammps.linalg $ vi Makefile.lammps.linalg -수정 내용- (수정이 필요하지 않은 경우 저장하지 않고 vim 종료) atc_SYSLIB = -llinalg $ cp Makefile.mpi bak_Makefile.mpi $ vi Makefile.mpi -수정 내용- CC = mpiicpc -std=c++11 $ make -f Makefile.mpi > make.log 2>&1 ``` #### linalg 설치 ``` $ cd ../linalg (절대 경로 : cd ${MY_LAMMPS_DIR}/lib/linalg) $ cp Makefile.mpi bak_Makefile.mpi $ vi Makefile.mpi -수정 내용- CC = mpiicpc -std=c++11 $ make -f Makefile.mpi > make.log 2>&1 ``` #### plumed 설치 ``` $ cd ../plumed (절대 경로 : cd ${MY_LAMMPS_DIR}/lib/plumed) $ cp Install.py bak_Install.py $ vi Install.py - 수정 내용- 123번째 라인 cmd 로 시작되는 부분 --enable-static-patch CXX=mpiicpc $ cd ../../src (절대 경로 : cd ${MY_LAMMPS_DIR}/src) $ make lib-plumed args="-b" > plumed.make.log 2>&1 (다른 패키지보다 설치에 약간의 시간이 더 소요될 수 있음) ``` ### 3. lammps package 설치 및 설정 ``` (cd $MY_LAMMPS_DIR/src 경로에서 make 단계 진행) $ make yes-most $ make yes-voronoi $ make yes-poems $ make yes-awpmd $ make yes-atc $ make yes-plumed $ make yes-intel $ make yes-mpiio $ make yes-ml-snap $ make package-status > package.list 2>&1 (package.list에서 설정된 패키지 확인 가능) $ vi Makefile.package.settings (package.settigs 파일 확인하고 수정사항이 없는 경우 vim 종료) # Makefile settings generated by libraries used by specific LAMMPS packages # this file is auto-edited when those packages are included/excluded include ../../lib/plumed/Makefile.lammps include ../../lib/atc/Makefile.lammps include ../../lib/awpmd/Makefile.lammps include ../../lib/poems/Makefile.lammps include ../../lib/voronoi/Makefile.lammps include ../../lib/plugin/Makefile.lammps ``` ### 4. make 파일 수정 및 make #### Makefile.mpi 수정 ``` $ cd MAKE $ cp Makefile.mpi bak_Makefile.mpi $ vi Makefile.mpi -compiler/linker settings 수정 내용- # 예시 OPTFLAGS 의-xCOMMON-AVX512 는 SKL, KNL 노드 공통 최적화 옵션이며 # -xMIC-AVX512 는 KNL, -xCORE-AVX512는 SKL 노드 최적화 옵션이므로 3가지 옵션 중 택일 CC = mpiicpc OPTFLAGS = -xCOMMON-AVX512 -O3 -fp-model fast=2 -no-prec-div -qoverride-limits -std=c++11 CCFLAGS = -qopenmp -qno-offload -fno-alias -ansi-alias -restrict \ -DLMP_INTEL_USELRT -DLMP_USE_MKL_RNG $(OPTFLAGS) CCFLAGS += -I$(MKLROOT)/include -I/apps/common/jpeg/9c/include SHFLAGS = -fPIC DEPFLAGS = -M LINK = mpiicpc LINKFLAGS = -qopenmp $(OPTFLAGS) LIB = -ltbb -ltbbmalloc SIZE = size ARCHIVE = ar ARFLAGS = -rc SHLIBFLAGS = -shared -FFT library 수정 내용- FFT_INC = -DFFT_MKL -DFFT_SINGLE -DFFT_MKL_THREADS FFT_PATH = FFT_LIB = -L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lmkl_rt ``` #### make 실행 ``` $ cd .. $ make mpi > make.mpi.log 2>&1 ``` #### ※ make 시 오류가 발생하는 경우 clean 방법 ``` $ cd $MY_LAMMPS_DIR/src $ make clean-all ``` --- # Agent Instructions: Querying This Documentation If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question. Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter: ``` GET https://docs-ksc.gitbook.io/blog/install/nurion/lammps/lammps-2aug2023.md?ask=