LS-DYNA 사용자 지침서(2020.02)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 3. 4. 09:48

본 문서는 누리온 시스템에서 LS-DYNA 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, LS-DYNA 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.

가. 사용 정책

사용자별 최대 40개 CPU 코어 수행 가능합니다.
한정된 라이선스를 슈퍼컴 사용자들이 함께 사용하므로, 사용정책 기준을 초과하여 사용할 경우 해당 작업은 관리자가 강제 종료 합니다.
부득이하게 많은 라이선스가 필요할 경우, KISTI 홈페이지(https://www.ksc.re.kr)를 통해 사전에 관리자와 협의해야 합니다.
작업 제출 전 "lic_check" 명령 에서 메뉴 선택을 통해 라이선스 상태를 확인 한 다음 작업을 제출하시기 바랍니다.
누리온시스템 로그인 노드의 과부하 방지를 위해 pre/post 작업은 허가하지 않습니다.
2019년 3월 PM 이후(3월14일)에는 작업제출 스크립트에 "#PBS -A lsdyna" 옵션을 사용해야 합니다.

나. 소프트웨어 설치 정보

1. 설치 버전

LSDYNA R11.1.0(smp, mpp), R10.1.0(smp, mpp), R9.2.0(smp, mpp), R9.1.0(smp, mpp)

2. 설치 위치

/apps/commercial/LSDYNA

다. 소프트웨어 실행 방법

1. 실행 방법 설명 및 실행 예시

실행 명령 및 옵션

옵션 대소문자 및 위치 구분 없음. 해당 옵션 사용하지 않을 경우 default값으로 출력됨

(Options = Input file specification, Output file specification, Extra option)

[ls-dyna 명령어] [option]

※ ls-dyna 명령어는 (2)실행 예제 및 관련 표를 참고하시고, option에 대한 정보는 아래 표를 참고하여 사용하시길 바랍니다.

2. 실행 예제

1) SMP 버전 실행 예시

input file 명 : airbag_deploy.k
사용 CPU 수 : 4개
사용메모리 양 : 400MB (100MB X 4)
Output files
- information outputs :d3hsp, messag, status.out
- binary outputs : d3plot - d3plot##, d3dump01 - d3dump##,
- ascii outputs : abstat, glstat, matsum, rcforc, rwforc, etc.

실행 예제

$ [LS-DYNA 명령어] i=airbag.deploy.k memory=100m ncpu=4

※ 사용가능한 LS-DYNA 명령어는 아래 표를 참고하여 선택한다.

2) MPP 버전 실행 예시

input file 명 : airbag_deploy.k
사용 CPU 수 : 4개
사용메모리 양 : 400MB (100MB X 4)
Output files
- Information outputs : d3hsp, mes0000 - mes0003, status.out, adptmp, scr0000 - scr0003
- Binary outputs : d3plot - d3plot##, d3dump01.0000 - d3dump##.0003, d3full01 - d3full##
- Binary database (smp의 ascii output에 해당) : binout0000
- Ascii ouput extractions from binary database : l2a binout* 실행
실행 예제

$ mpirun -np 4 [LS-DYNA 명령어] i=airbag.deploy.k memory=100m memory2=20m -procs 4

※ 사용가능한 LS-DYNA 명령어는 아래 표를 참고하여 선택한다.

3. 실행 방법

Interactive 방식의 실행은 CPU time이 10분으로 제한되어 있습니다.
장시간의 계산 작업은 PBS 라는 스케줄러를 이용하여 작업을 제출해야 합니다.
작업 제출 전 "lic_check" 명령을 실행하여 라이선스 상태를 확인 후 작업을 제출하시기 바랍니다.

4. 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

누리온 시스템에서는 로그인 노드에서 PBS 라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다.

누리온 시스템에서 PBS 를 사용하는 예제 파일들이 아래의 경로에 존재하므로 사용자 작업용 파일을 만들 때 이를 참고하시기 바랍니다.

예제 파일 :
- /apps/commercial/test_samples/LSDYNA/lsdyna_smp.sh (단일 노드에서 수행)
- /apps/commercial/test_samples/LSDYNA/lsdyna_mpp.sh (멀티 노드에서 수행)

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 LS-DYNA에 대한 예제입니다. (단일 노드에서 수행)

#!/bin/sh
#PBS -V
#PBS -N lsdyna_job
#PBS -q commercial
#PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=1:ompthreads=40
#PBS -l walltime=04:00:00
#PBS -A lsdyna
cd $PBS_O_WORKDIR
module load lsdyna/smp
/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R10.1.0/ls-dyna_smp_s_r1010_x64_redhat5_ifort160 </mark> i=airbag.deploy.k memory=1000m ncpu=$NCPUS

위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.
2019년 3월 PM 이후(3월14일)부터는 "#PBS -A lsdyna" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 LS-DYNA에 대한 예제입니다. (멀티 노드에서 수행)

#!/bin/sh
#PBS -V
#PBS -N lsdyna_job
#PBS -q commercial
#PBS -l select=2:ncpus=20:mpiprocs=20:ompthreads=1
#PBS -l walltime=04:00:00
#PBS -A lsdyna
cd $PBS_O_WORKDIR
module load lsdyna/mpp
mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE </mark>
/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R10.1.0/ls-dyna_mpp_s_r10_1_123355_x64_redhat54_ifort160_sse2_platformmpi </p>
i=airbag.deploy.k memory=1000m

위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.
2019년 3월 PM 이후(3월14일)부터는 "#PBS -A lsdyna" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.
작업 제출은 스크래치 디렉토리에서만 가능 합니다.
사용자별 스크래치 디렉토리는 /scratch/$USER입니다.
스크래치 디스크는 작업 종료 후 일정 시간(2020년 2월 현재 정책: 15일)이 지나면 삭제되기 때문에, 작업이 완료 된경우 빠른 시일 내에 백업하시길 권장합니다.
기타 PBS에 관련된 명령어 및 사용법은 누리온 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.

5. 작업 제출 방법

예제 : 스크립트 파일 이름이 lsdyna.sh 인 경우

$ qsub lsdyna.sh

6. 작업 상태 확인

$ qstat (또는 qstat -u $USER)

7. 제출된 작업을 강제로 종료

사용 방법 : qdel
작업ID는 qstat 명령어 실행 시 제일 왼쪽에 표시 되는 정보입니다.(ex. 1771476.pbs)
예제 : 작업ID 가 1771476.pbs 인 경우

$ qdel 1771476.pbs

8. PBS 상에서 사용 가능한 자원 확인

$ pbs_status

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LS-DYNA 사용자 지침서(2020.02)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 3. 4. 09:48

가. 사용 정책

사용자별 최대 40개 CPU 코어 수행 가능합니다.
한정된 라이선스를 슈퍼컴 사용자들이 함께 사용하므로, 사용정책 기준을 초과하여 사용할 경우 해당 작업은 관리자가 강제 종료 합니다.
부득이하게 많은 라이선스가 필요할 경우, KISTI 홈페이지(https://www.ksc.re.kr)를 통해 사전에 관리자와 협의해야 합니다.
작업 제출 전 "lic_check" 명령 에서 메뉴 선택을 통해 라이선스 상태를 확인 한 다음 작업을 제출하시기 바랍니다.
누리온시스템 로그인 노드의 과부하 방지를 위해 pre/post 작업은 허가하지 않습니다.
2019년 3월 PM 이후(3월14일)에는 작업제출 스크립트에 "#PBS -A lsdyna" 옵션을 사용해야 합니다.

나. 소프트웨어 설치 정보

1. 설치 버전

LSDYNA R11.1.0(smp, mpp), R10.1.0(smp, mpp), R9.2.0(smp, mpp), R9.1.0(smp, mpp)

2. 설치 위치

/apps/commercial/LSDYNA

다. 소프트웨어 실행 방법

1. 실행 방법 설명 및 실행 예시

실행 명령 및 옵션

옵션 대소문자 및 위치 구분 없음. 해당 옵션 사용하지 않을 경우 default값으로 출력됨

(Options = Input file specification, Output file specification, Extra option)

[ls-dyna 명령어] [option]

※ ls-dyna 명령어는 (2)실행 예제 및 관련 표를 참고하시고, option에 대한 정보는 아래 표를 참고하여 사용하시길 바랍니다.

2. 실행 예제

1) SMP 버전 실행 예시

input file 명 : airbag_deploy.k
사용 CPU 수 : 4개
사용메모리 양 : 400MB (100MB X 4)
Output files
- information outputs :d3hsp, messag, status.out
- binary outputs : d3plot - d3plot##, d3dump01 - d3dump##,
- ascii outputs : abstat, glstat, matsum, rcforc, rwforc, etc.

실행 예제

$ [LS-DYNA 명령어] i=airbag.deploy.k memory=100m ncpu=4

※ 사용가능한 LS-DYNA 명령어는 아래 표를 참고하여 선택한다.

2) MPP 버전 실행 예시

input file 명 : airbag_deploy.k
사용 CPU 수 : 4개
사용메모리 양 : 400MB (100MB X 4)
Output files
- Information outputs : d3hsp, mes0000 - mes0003, status.out, adptmp, scr0000 - scr0003
- Binary outputs : d3plot - d3plot##, d3dump01.0000 - d3dump##.0003, d3full01 - d3full##
- Binary database (smp의 ascii output에 해당) : binout0000
- Ascii ouput extractions from binary database : l2a binout* 실행
실행 예제

$ mpirun -np 4 [LS-DYNA 명령어] i=airbag.deploy.k memory=100m memory2=20m -procs 4

※ 사용가능한 LS-DYNA 명령어는 아래 표를 참고하여 선택한다.

3. 실행 방법

Interactive 방식의 실행은 CPU time이 10분으로 제한되어 있습니다.
장시간의 계산 작업은 PBS 라는 스케줄러를 이용하여 작업을 제출해야 합니다.
작업 제출 전 "lic_check" 명령을 실행하여 라이선스 상태를 확인 후 작업을 제출하시기 바랍니다.

4. 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

누리온 시스템에서는 로그인 노드에서 PBS 라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다.

누리온 시스템에서 PBS 를 사용하는 예제 파일들이 아래의 경로에 존재하므로 사용자 작업용 파일을 만들 때 이를 참고하시기 바랍니다.

예제 파일 :
- /apps/commercial/test_samples/LSDYNA/lsdyna_smp.sh (단일 노드에서 수행)
- /apps/commercial/test_samples/LSDYNA/lsdyna_mpp.sh (멀티 노드에서 수행)

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 LS-DYNA에 대한 예제입니다. (단일 노드에서 수행)

#!/bin/sh
#PBS -V
#PBS -N lsdyna_job
#PBS -q commercial
#PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=1:ompthreads=40
#PBS -l walltime=04:00:00
#PBS -A lsdyna
cd $PBS_O_WORKDIR
module load lsdyna/smp
/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R10.1.0/ls-dyna_smp_s_r1010_x64_redhat5_ifort160 </mark> i=airbag.deploy.k memory=1000m ncpu=$NCPUS

위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.
2019년 3월 PM 이후(3월14일)부터는 "#PBS -A lsdyna" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 LS-DYNA에 대한 예제입니다. (멀티 노드에서 수행)

#!/bin/sh
#PBS -V
#PBS -N lsdyna_job
#PBS -q commercial
#PBS -l select=2:ncpus=20:mpiprocs=20:ompthreads=1
#PBS -l walltime=04:00:00
#PBS -A lsdyna
cd $PBS_O_WORKDIR
module load lsdyna/mpp
mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE </mark>
/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R10.1.0/ls-dyna_mpp_s_r10_1_123355_x64_redhat54_ifort160_sse2_platformmpi </p>
i=airbag.deploy.k memory=1000m

위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.
2019년 3월 PM 이후(3월14일)부터는 "#PBS -A lsdyna" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.
작업 제출은 스크래치 디렉토리에서만 가능 합니다.
사용자별 스크래치 디렉토리는 /scratch/$USER입니다.
스크래치 디스크는 작업 종료 후 일정 시간(2020년 2월 현재 정책: 15일)이 지나면 삭제되기 때문에, 작업이 완료 된경우 빠른 시일 내에 백업하시길 권장합니다.
기타 PBS에 관련된 명령어 및 사용법은 누리온 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.